El laboratorio cuenta con algunas sustancias como ácidos, sustancias orgánicas, sustancias inorgánicas, entre otras, para el desempeño de sus actividades de ensayos, es así que dentro de su inventario existen algunas sustancias que son sujetas a fiscalización y control por parte del Ministerio de Gobierno.
Es por eso que el Laboratorio de Calidad de Agua se califica permanentemente en el manejo y uso de estas sustancias para las actividades propias del laboratorio y poder cumplir con las exigencias de los organismos de control